Название мечети – Биби-ханум - очень поэтично, как и легенда, связанная с её постройкой. По преданию мечеть построила любимая жена Тимура Биби-ханум в честь возвращения мужа из похода на Индию. По её замыслу мечеть должна была стать самым грандиозным творением Самарканда. Зодчий, руководящий постройкой мечети, безумно влюбился в красавицу-царицу и всячески оттягивал окончание работ. Биби-ханум была в ярости от этой задержки, так как Тимур должен был возвратиться уже совсем скоро, а здание все еще не было готово. Когда царица потребовала от зодчего поторопиться со строительством мечети, зодчий поставил ей условие: здание будет готово в срок, если она разрешит ему себя поцеловать.

В ответ царица приказала слуге принести яйца, раскрашенные в разные цвета, и сказала зодчему: “Посмотри на эти яйца. Только с виду они все разные, а внутри - одинаковые. Таковы и мы, женщины! Я могу подарить тебе любую из рабынь, которую ты пожелаешь”. Тогда зодчий попросил принести два бокала: один из них он наполнил водой, а другой белым вином: “Посмотри на эти бокалы - с виду они одинаковые. Но если я выпью один, то ничего не почувствую, если выпью другой – он обожжет меня. Такова любовь!”

Так царице пришлось согласиться с условиями дерзкого зодчего, но его поцелуй был настолько страстным, что на нежной щеке Биби-ханум остался яркий след. Возвратился из похода Тимур. Он был восхищен подарком жены – величественной соборной мечетью, которая была закончена зодчим в срок, но от его внимательных глаз не укрылся и след от поцелуя на щеке любимой жены...

Чем закончилась эта история доподлинно неизвестно. По одной из распространенных версий Тимур убил зодчего и приказал похоронить его в подземном мавзолее, куда поместил свою библиотеку. После смерти Тимура эта библиотека перешла к Улугбеку, который её значительно расширил, но после его смерти она бесследно исчезла….

Эту легенду можно сопоставить с реальными фактами. Старшая жена Тимура - Сарай Мульк-ханум с разрешения Тимура решила возвести в благих целях мечеть рядом с базаром. Одновременно с возведением мечети Биби-ханум шли работы по строительству медресе по плану самого Тимура. Дабы её мечеть была величественней, чем медресе Тимура, по приказу царицы зодчие возвели одно из самых высоких зданий в городе того периода. Но из-за ошибки в расчетах, здание постепенно стало разрушаться. Сегодня мечеть Биби-ханум – одно из популярных мест посещения туристов. Два года назад была проведена его частичная реконструкция.